Вычислительные методы и программирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Выч. мет. программирование, 2014, том 15, выпуск 2, страницы 258–273 (Mi vmp247)  

Применение квантово-химического полуэмпирического метода PM7 для разработки новых ингибиторов урокиназы

Е. В. Катковаa, И. В. Офёркинb, В. Б. Сулимовb

a ООО ``Димонта'', Москва
b Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова

Аннотация: Представлены результаты использования полуэмпирических квантово-химических методов с помощью программного комплекса MOPAC применительно к задаче поиска новых ингибиторов урокиназы. Проведено исследование оптимальных условий работы в рамках комплекса MOPAC c методом параметризации PM7, позволяющим учитывать различные виды нековалентных межмолекулярных взаимодействий, таких как дисперсионные взаимодействия, галогенные и водородные связи. Показано, что различные способы расстановки водородов на первоначальные рентгено-кристаллические структуры значительно влияют на энергии взаимодействия белка и лиганда и, как следствие, немаловажную роль играет подвижность водородов белка в процессе локальной оптимизации комплекса. На 22 комплексах, включающих в себя уже не только урокиназные белки, была продемонстрирована важность учета растворителя, а также было показано, что расчет энергий взаимодействия методом квантовой химии дает лучшую корреляцию с экспериментом по сравнению с расчетами в силовом поле MMFF94. Для нативных комплексов урокиназа-ингибитор рассчитаны энтальпии связывания лиганд-белок и найдены коэффициенты корреляции с экспериментом для результатов расчетов в комплексе MOPAC. Приведены результаты использования комплекса MOPAC в разработке новых ингибиторов урокиназы.

Ключевые слова: молекулярное моделирование, квантовая химия, полуэмпирические методы, поиск новых ингибиторов, эффективность, оптимальные параметры работы, сеточный докинг, прямой докинг.

Полный текст: PDF файл (480 kB)
Тип публикации: Статья
УДК: 004.051; 539.6; 544.18; 615.01
Поступила в редакцию: 25.03.2014

Образец цитирования: Е. В. Каткова, И. В. Офёркин, В. Б. Сулимов, “Применение квантово-химического полуэмпирического метода PM7 для разработки новых ингибиторов урокиназы”, Выч. мет. программирование, 15:2 (2014), 258–273

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KatOfeSul14}
\by Е.~В.~Каткова, И.~В.~Офёркин, В.~Б.~Сулимов
\paper Применение квантово-химического полуэмпирического метода PM7 для разработки новых ингибиторов урокиназы
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2014
\vol 15
\issue 2
\pages 258--273
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp247}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vmp247
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vmp/v15/i2/p258

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Вычислительные методы и программирование
    Просмотров:
    Эта страница:207
    Полный текст:90
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021