Вычислительные методы и программирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Выч. мет. программирование, 2010, том 11, выпуск 3, страницы 299–305 (Mi vmp322)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Вычислительные методы и приложения

Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций

Э. С. Фомин

Институт цитологии и генетики СО РАН

Аннотация: Алгоритмы поиска ближайших соседей широко используются в молекулярной динамике для расчетов короткодействующих межатомных потенциалов. Эти алгоритмы основываются на методах Верлет таблицы и связанных ячеек. Дан анализ особенностей указанных методов и показано, что для плотных систем, таких как вода, метод связанных ячеек требует значительно меньшего объема необходимой памяти и количества операций чтения данных по сравнению с методом Верлет таблицы и может эффективно использоваться в параллельных реализациях. Новая техника для параллелизации расчета короткодействующих потенциалов, названная динамической пространственной декомпозицией, предложена для метода связанных ячеек. Показано, что в параллельной SIMD-версии этот метод превосходит метод Верлет таблицы на 40% и более, несмотря на большое количество излишних расчетов межатомных расстояний. Эффективность обусловлена тем, что данный метод более приспособлен для современных многоядерных SIMD-процессоров. Все методы тестировались на пакете MOLKERN.

Ключевые слова: метод Верлет таблицы; метод связанных ячеек; поиск ближайших соседей; SIMD; многопоточность.

Полный текст: PDF файл (170 kB)
Тип публикации: Статья
УДК: 519.6

Образец цитирования: Э. С. Фомин, “Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной, векторизованной и многопоточной реализаций”, Выч. мет. программирование, 11:3 (2010), 299–305

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{Fom10}
\by Э.~С.~Фомин
\paper Сравнение метода Верлет таблицы и метода связанных ячеек для последовательной,
векторизованной и многопоточной реализаций
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2010
\vol 11
\issue 3
\pages 299--305
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp322}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vmp322
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vmp/v11/i3/p299

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Е. М. Пестряев, “Тестирование многоядерных графических процессоров на алгоритме молекулярной динамики”, Матем. моделирование, 26:1 (2014), 69–82  mathnet
  • Вычислительные методы и программирование
    Просмотров:
    Эта страница:68
    Полный текст:41
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021