Вычислительные методы и программирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Выч. мет. программирование, 2008, том 9, выпуск 1, страницы 101–107 (Mi vmp424)  

Вычислительные методы и приложения

Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло

Ф. В. Григорьев, С. Н. Жабин, А. Н. Романов, В. Б. Сулимов

Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова

Аннотация: Представлены результаты расчетов гидрофобной составляющей свободной энергии формирования комплексов белок-лиганд, обусловленной образованием/уничтожением полости в воде. Изменение свободной энергии вычислено для трех комплексов белок-лиганд методом термодинамического интегрирования. Термодинамический цикл для расчета состоял из двух стадий: уничтожение полости, соответствующей лиганду в свободном состоянии в воде, и ее создание в активном центре белка. Показано, что для всех исследованных комплексов изменение гидрофобной составляющей свободной энергии отрицательно и основной вклад в нее обусловлен уничтожением полости лиганда в свободном состоянии. Расчеты проведены с использованием параллельной версии программы CAVE. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 06-03-33171).

Ключевые слова: свободная энергия кавитации; модель воды TIP4P; моделирование методом Монте-Карло; гидрофобный эффект; комплекс белок-лиганд; термодинамическое интегрирование.

Полный текст: PDF файл (697 kB)
УДК: 536.75; 538.9

Образец цитирования: Ф. В. Григорьев, С. Н. Жабин, А. Н. Романов, В. Б. Сулимов, “Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло”, Выч. мет. программирование, 9:1 (2008), 101–107

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GriZhaRom08}
\by Ф.~В.~Григорьев, С.~Н.~Жабин, А.~Н.~Романов, В.~Б.~Сулимов
\paper Расчет гидрофобной составляющей вклада в свободную энергию образования комплексов белок-лиганд методом Монте-Карло
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2008
\vol 9
\issue 1
\pages 101--107
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp424}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vmp424
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vmp/v9/i1/p101

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Вычислительные методы и программирование
    Просмотров:
    Эта страница:52
    Полный текст:16
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021