RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Выч. мет. программирование, 2008, том 9, выпуск 3, страницы 213–233 (Mi vmp436)  

Вычислительные методы и приложения

Компьютерный дизайн лекарственных средств: программа докинга SOL

А. Н. Романов, Ф. В. Григорьев, А. В. Сулимов, С. В. Лущекина, Я. Б. Мартынов, В. Б. Сулимов

Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова

Аннотация: Описан принцип функционирования и первоначальное тестирование программы позиционирования (докинга) низкомолекулярных лигандов в активном центре протеинов и других биологических объектов. Подобные процедуры широко используются в ходе структурно-ориентированного процесса разработки новых лекарственных средств. Для оптимизации положения лиганда используется генетический алгоритм, при этом оптимизируются внутренние степени свободы лиганда (разрешенные вращения вокруг одинарных химических связей), а также степени свободы, связанные с положением лиганда как целого в активном центре биологической макромолекулы. Оптимизация положения лиганда производится по результатам оценки энергии взаимодействия лиганда с макромолекулой, а также оценки внутренней энергии лиганда. Вычисление энергии осуществляется в рамках модели силового поля MMFF94. Эффекты десольватации в процессе образования комплекса учитываются c использованием обобщенной борновской модели. Программа также оценивает свободную энергию образования комплекса лиганда с макромолекулой и осуществляет кластеризацию найденных решений, основываясь на сходстве соответствующих им пространственных положений лиганда. Первоначальное тестирование программы на примере докинга набора лигандов в несколько популярных биологических мишеней выявило ее способность корректно располагать лиганды в активном центре протеинов, а также производить виртуальный скрининг - отбирать активные соединения из содержащего их набора и соединения, не проявляющие активности на данной биомишени. Работа выполнена при финансовой поддержке РФФИ (код проекта 06-03-33171).

Ключевые слова: компьютерный дизайн лекарственных средств; докинг лигандов; генетический алгоритм; биологическая мишень; глобальная оптимизация; силовое поле MMFF94.

Полный текст: PDF файл (857 kB)
УДК: 536.75, 538.9

Образец цитирования: А. Н. Романов, Ф. В. Григорьев, А. В. Сулимов, С. В. Лущекина, Я. Б. Мартынов, В. Б. Сулимов, “Компьютерный дизайн лекарственных средств: программа докинга SOL”, Выч. мет. программирование, 9:3 (2008), 213–233

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{RomGriSul08}
\by А.~Н.~Романов, Ф.~В.~Григорьев, А.~В.~Сулимов, С.~В.~Лущекина, Я.~Б.~Мартынов, В.~Б.~Сулимов
\paper Компьютерный дизайн лекарственных средств: программа докинга SOL
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2008
\vol 9
\issue 3
\pages 213--233
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp436}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vmp436
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vmp/v9/i3/p213

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Вычислительные методы и программирование
    Просмотров:
    Эта страница:82
    Полный текст:34
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021