|
Выч. мет. программирование, 2006, том 7, выпуск 4, страницы 128–136
(Mi vmp621)
|
|
|
|
Программирование
Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля
MMFF94.
Ф. В. Григорьевa, А. Н. Романовa, О. А. Кондаковаa, С. В. Лущекинаb, В. Б. Сулимовa a Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова
b Институт биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича РАМН
Аннотация:
Рассмотрен алгоритм FARS (Fire Algorithm for Rings Search) расстановки силовых параметров на атомах
органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94. Алгоритм предназначен для использования при решении задачи виртуального перебора молекул из баз данных с целью отбора тех из них, которые наилучшим образом взаимодействуют с белком-мишенью. Сравниваются результаты расстановки параметров алгоритмом FARS и программным комплексом CHARMM на молекулах из базы данных NCI Diversity. Программа FARS, написанная на основе алгоритма, включена в состав веб-ориентированной платформы Keenbase, предназначенной для решения задач виртуального перебора. Программа FARS успешно использовалась при проведении компьютерного эксперимента по поиску ингибиторов к заданным белкам с применением технологий распределенных вычислений. В ходе эксперимента были задействованы вычислительные мощности НИВЦ МГУ и Южно-Уральского государственного университета.
Ключевые слова:
силовое поле; виртуальный перебор; белок-мишень; органические молекулы; расстановка параметров; базы данных.
Полный текст:
PDF файл (202 kB)
УДК:
519.6; 54:681.3; 54:51
Образец цитирования:
Ф. В. Григорьев, А. Н. Романов, О. А. Кондакова, С. В. Лущекина, В. Б. Сулимов, “Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля
MMFF94.”, Выч. мет. программирование, 7:4 (2006), 128–136
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GriRomKon06}
\by Ф.~В.~Григорьев, А.~Н.~Романов, О.~А.~Кондакова, С.~В.~Лущекина, В.~Б.~Сулимов
\paper Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля
MMFF94.
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2006
\vol 7
\issue 4
\pages 128--136
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp621}
Образцы ссылок на эту страницу:
http://mi.mathnet.ru/vmp621 http://mi.mathnet.ru/rus/vmp/v7/i4/p128
Citing articles on Google Scholar:
Russian citations,
English citations
Related articles on Google Scholar:
Russian articles,
English articles
|
Просмотров: |
Эта страница: | 47 | Полный текст: | 13 |
|