RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Выч. мет. программирование, 2006, том 7, выпуск 4, страницы 128–136 (Mi vmp621)  

Программирование

Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94.

Ф. В. Григорьевa, А. Н. Романовa, О. А. Кондаковаa, С. В. Лущекинаb, В. Б. Сулимовa

a Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова
b Институт биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича РАМН

Аннотация: Рассмотрен алгоритм FARS (Fire Algorithm for Rings Search) расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94. Алгоритм предназначен для использования при решении задачи виртуального перебора молекул из баз данных с целью отбора тех из них, которые наилучшим образом взаимодействуют с белком-мишенью. Сравниваются результаты расстановки параметров алгоритмом FARS и программным комплексом CHARMM на молекулах из базы данных NCI Diversity. Программа FARS, написанная на основе алгоритма, включена в состав веб-ориентированной платформы Keenbase, предназначенной для решения задач виртуального перебора. Программа FARS успешно использовалась при проведении компьютерного эксперимента по поиску ингибиторов к заданным белкам с применением технологий распределенных вычислений. В ходе эксперимента были задействованы вычислительные мощности НИВЦ МГУ и Южно-Уральского государственного университета.

Ключевые слова: силовое поле; виртуальный перебор; белок-мишень; органические молекулы; расстановка параметров; базы данных

Полный текст: PDF файл (202 kB)
УДК: 519.6; 54:681.3; 54:51

Образец цитирования: Ф. В. Григорьев, А. Н. Романов, О. А. Кондакова, С. В. Лущекина, В. Б. Сулимов, “Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94.”, Выч. мет. программирование, 7:4 (2006), 128–136

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GriRomKon06}
\by Ф.~В.~Григорьев, А.~Н.~Романов, О.~А.~Кондакова, С.~В.~Лущекина, В.~Б.~Сулимов
\paper Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля
MMFF94.
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2006
\vol 7
\issue 4
\pages 128--136
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp621}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vmp621
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vmp/v7/i4/p128

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Вычислительные методы и программирование
    Просмотров:
    Эта страница:32
    Полный текст:9
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020