RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Правила для авторов
Загрузить рукопись

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование, 2015, том 8, выпуск 4, страницы 83–99 (Mi vyuru290)  

Программирование

Evaluation of the docking algorithm based on tensor train global optimization

[Исследование алгоритма докинга на основе метода глобальной оптимизации с помощью тензорных поездов]

I. V. Oferkina, D. A. Zheltkovb, E. E. Tyrtyshnikovbc, A. V. Sulimovda, D. K. Kutovda, V. B. Sulimovda

a Dimonta Ltd. (Moscow, Russian Federation)
b Lomonosov Moscow State University (Moscow, Russian Federation)
c Institute of Numerical Mathematics (Moscow, Russian Federation)
d Research Computer Center of Lomonosov Moscow State University

Аннотация: Эффективность современной рациональной разработки новых лекарств зависит от точного моделирования связывания белка-мишени, ответственного за болезнь, с малыми молекулами (лигандами) — кандидатами в лекарства. Главный инструмент такого моделирования это программы докинга, осуществляющие позиционирование лигандов в белках-мишенях. Это позиционирование осуществляется в рамках парадигмы докинга, заключающейся в том, что лиганд связывается в белке в положении, соответствующем глобальному минимуму энергии системы белок-лиганд. Представлен новый алгоритм докинга на основе нового метода глобальной оптимизации с помощью тензорных поездов. Проведено тестирование соответствующей новой программы докинга на наборе 30 комплексов белок-лиганд с известной трехмерной структурой. Энергия системы белок-лиганд вычисляется с помощью силового поля MMFF94. Работа программы SOL-T сравнивается с результатами исчерпывающего поиска низкоэнергетических минимумов, выполненного программой докинга FLM на основе метода Монте Карло и с использованием больших суперкомпьютерных ресурсов. Показано, что программа SOL-T в 100 раз быстрее программы FLM и находит глобальный минимум энергии (найденный программой FLM) для 50% исследованных комплексов. Исследована работа программы SOL-T в зависимости от использованного ранга разложения с помощью тензорных поездов и показано, что при ранге 16 эффективность докинга с помощью SOL-T такая же, как и при ранге 64. Показано, что парадигма докинга выполняется не для всех исследованных комплексов белок-лиганд при использовании силового поля MMFF94.

Ключевые слова: докинг; глобальная оптимизация; тензорный поезд; комплекс белок-лиганд; разработка лекарств.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 15-11-00025
Российский фонд фундаментальных исследований 13-01-12061 офи_м
14-07-31239 мол_а


DOI: https://doi.org/10.14529/mmp150407

Полный текст: PDF файл (714 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Реферативные базы данных:

Тип публикации: Статья
УДК: 004.942+519.6+539.6+577.2
MSC: 15A69, 15B99, 49M25, 49M27, 65F10
Поступила в редакцию: 22.09.2015
Язык публикации: английский

Образец цитирования: I. V. Oferkin, D. A. Zheltkov, E. E. Tyrtyshnikov, A. V. Sulimov, D. K. Kutov, V. B. Sulimov, “Evaluation of the docking algorithm based on tensor train global optimization”, Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование, 8:4 (2015), 83–99

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{OfeZheTyr15}
\by I.~V.~Oferkin, D.~A.~Zheltkov, E.~E.~Tyrtyshnikov, A.~V.~Sulimov, D.~K.~Kutov, V.~B.~Sulimov
\paper Evaluation of the docking algorithm based on tensor train global optimization
\jour Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование
\yr 2015
\vol 8
\issue 4
\pages 83--99
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vyuru290}
\crossref{https://doi.org/10.14529/mmp150407}
\isi{http://gateway.isiknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcApp=PARTNER_APP&SrcAuth=LinksAMR&DestLinkType=FullRecord&DestApp=ALL_WOS&KeyUT=000422203200007}
\elib{http://elibrary.ru/item.asp?id=24989384}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vyuru290
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vyuru/v8/i4/p83

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:218
    Полный текст:69
    Литература:30
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2020