RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Правила для авторов
Загрузить рукопись

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование, 2017, том 10, выпуск 3, страницы 94–107 (Mi vyuru389)  

Программирование

Influence of the method of hydrogen atoms incorporation into the target protein on the protein-ligand binding energy

[О влиянии способа приготовления белка-мишени на связывание с ним лиганда]

D. K. Kutovab, E. V. Katkovaab, A. V. Sulimovab, O. A. Kondakovaab, V. B. Sulimovab

a Research Computer Center, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russian Federation
b Dimonta Ltd., Moscow, Russian Federation

Аннотация: Выбор метода подготовки белка-мишени, в частности, метод протонирования белка, может значительно повлиять как на пространственное расположение добавленных атомов водорода, так и на зарядовые состояния отдельных молекулярных групп аминокислотных остатков. Это означает, что при вычислении энергии связывания белка и лиганда различные способы подготовки белка-мишени могут привести к существенно разным значениям энергий связывания, а в случае докинга (позиционирования лиганда в активном центре белка) — к различным положениям лиганда в активном центре. В данной работе было проведено исследование влияния способа расстановки атомов водорода в белке-мишени на энергию связывания белок-лиганд. При этом исследовались случаи, когда все атомы водорода белка-мишени были зафиксированы или подвижны. В результате для тестового набора белков-мишеней, приготовленных шестью различными программами, показано, что энергия связывания белок-лиганд может существенно зависеть от способа добавления атомов водорода, и различия могут достигать $100$ ккал/моль. Показано также, что учет растворителя в одной из двух континуальных моделей несколько сглаживает эти различия, но они все равно могут оказаться порядка $10$$20$ ккал/моль. Более того, мы показали, что докинг лиганда, проведенный с помощь программы SOL в закристаллизованный с ним белок, приготовленный разными способами, может дать существенно различные результаты как по позиционированию лиганда, так и по оценке его энергии связывания с белком в зависимости от способа добавления атомов водорода к белку.

Ключевые слова: белок-мишень; кристаллическая структура; протонирование; энергия связывания белок-лиганд; докинг; силовое поле.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский научный фонд 15-11-00025
The reported work was financially supported by the Russian Science Foundation, Agreement No. 15–11–00025.


DOI: https://doi.org/10.14529/mmp170308

Полный текст: PDF файл (448 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Реферативные базы данных:

Тип публикации: Статья
УДК: 004.94+539.6
MSC: 68U20, 92C05
Поступила в редакцию: 31.10.2016
Язык публикации: английский

Образец цитирования: D. K. Kutov, E. V. Katkova, A. V. Sulimov, O. A. Kondakova, V. B. Sulimov, “Influence of the method of hydrogen atoms incorporation into the target protein on the protein-ligand binding energy”, Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование, 10:3 (2017), 94–107

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KutKatSul17}
\by D.~K.~Kutov, E.~V.~Katkova, A.~V.~Sulimov, O.~A.~Kondakova, V.~B.~Sulimov
\paper Influence of the method of hydrogen atoms incorporation into the target protein on the protein-ligand binding
energy
\jour Вестн. ЮУрГУ. Сер. Матем. моделирование и программирование
\yr 2017
\vol 10
\issue 3
\pages 94--107
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vyuru389}
\crossref{https://doi.org/10.14529/mmp170308}
\isi{http://gateway.isiknowledge.com/gateway/Gateway.cgi?GWVersion=2&SrcApp=PARTNER_APP&SrcAuth=LinksAMR&DestLinkType=FullRecord&DestApp=ALL_WOS&KeyUT=000418233500008}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=29930360}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vyuru389
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vyuru/v10/i3/p94

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Просмотров:
    Эта страница:78
    Полный текст:13
    Литература:17
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021