Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия «Вычислительная математика и информатика»
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ., 2017, том 6, выпуск 4, страницы 74–90 (Mi vyurv179)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Суперкомпьютерное моделирование

Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков

Д. А. Суплатов, Н. Н. Попова, К. Е. Копылов, М. В. Шегай, Вл. В. Воеводин, В. К. Швядас

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (119991 Москва, Ленинские Горы, д. 1)

Аннотация: Изучение структуры, функции и регуляции белков с использованием биоинформатики и молекулярного моделирования является комплексной задачей, требующей сочетания различных методов и способов их исполнения. На практике, речь идет о конвейере из последовательных этапов, исполняемых различными программами, предъявляющими свои требования к вычислительным ресурсам. Гибридные вычислительные кластеры – системы, обладающие существенной мощностью и разнообразием аппаратных возможностей – необходимы для того, чтобы оптимально исполнить каждую отдельную стадию единого комплексного решения. При этом GPU-ускорители открывают новые возможности для поиска эффективных решений ресурсоемких задач биоинформатики и молекулярного моделирования.

Ключевые слова: гибридные вычислительные кластеры, биоинформатика, молекулярное моделирование, последовательные этапы, кодизайн, GPU-ускорители.

Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 17-07-00751_а
Российский научный фонд 15-14-00069
Работа выполнена при поддержке грантов РФФИ №17-07-00751 и РНФ №15-14-00069 с использованием оборудования Центра коллективного пользования сверхвысокопроизводительными вычислительными ресурсами МГУ имени М.В. Ломоносова.


DOI: https://doi.org/10.14529/cmse170406

Полный текст: PDF файл (915 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Реферативные базы данных:

Тип публикации: Статья
УДК: 004.021, 620.186
Поступила в редакцию: 11.09.2017

Образец цитирования: Д. А. Суплатов, Н. Н. Попова, К. Е. Копылов, М. В. Шегай, Вл. В. Воеводин, В. К. Швядас, “Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков”, Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ., 6:4 (2017), 74–90

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{SupPopKop17}
\by Д.~А.~Суплатов, Н.~Н.~Попова, К.~Е.~Копылов, М.~В.~Шегай, Вл.~В.~Воеводин, В.~К.~Швядас
\paper Гибридные вычислительные кластеры для изучения структуры, функции и регуляции белков
\jour Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ.
\yr 2017
\vol 6
\issue 4
\pages 74--90
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vyurv179}
\crossref{https://doi.org/10.14529/cmse170406}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=32260417}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vyurv179
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vyurv/v6/i4/p74

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles

    Эта публикация цитируется в следующих статьяx:
    1. Д. А. Суплатов, Я. А. Шарапова, Н. Н. Попова, К. Е. Копылов, Вл. В. Воеводин, В. К. Швядас, “Молекулярная динамика в силовом поле FF14SB в воде TIP4P-Ew, и в силовом поле FF15IPQ в воде SPC/E$_b$: сравнительный анализ на GPU и CPU”, Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ., 8:1 (2019), 71–88  mathnet  crossref  elib
  • Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия «Вычислительная математика и информатика»
    Просмотров:
    Эта страница:119
    Полный текст:49
    Литература:13
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2021