Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия «Вычислительная математика и информатика»
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ., 2019, том 8, выпуск 2, страницы 63–75 (Mi vyurv212)  

Применение многомерной квантильной функции в задаче пептид-белок докинга

С. В. Полуянa, Н. М. Ершовb

a Государственный университет «Дубна» (141982 Дубна, ул. Университетская, д. 19)
b Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (119991 Москва, ул. Ленинские горы, д. 1)

Аннотация: Настоящая работа посвящена исследованию применения стохастических эволюционных алгоритмов оптимизации к задаче пептид-белок докинга. В статье продемонстрированы основные положения, сводящие докинг к задаче непрерывной глобальной оптимизации. Представлены основные особенности рассматриваемой задачи и возникающие трудности применения эволюционных алгоритмов оптимизации. Предложен способ применения эволюционных алгоритмов, включающий использование эмпирической квантильной функции. Приведено краткое «рекурсивное» определение структуры многомерной квантильной функции с использованием одномерного квантильного преобразования. Представлен сеточный подход применения квантильной функции и указаны его недостатки. Предложен детерминированный алгоритм построения выборки, приведена схема его распараллеливания и получаемое ускорение. Для квантильной функции описана схема использования параллельных вычислений, включающая вычисления на графических ускорителях. Предложено несколько способов параллелизации с использованием выборки в явном виде. Продемонстрирована их производительность в зависимости от размера выборки. Представлены результаты докинга с использованием эволюционного алгоритма и его модификации с применением квантильной функции. Выполнено сравнение с актуальным методом докинга в рамках одного силового поля. Проведен анализ результатов вычислительных экспериментов.

Ключевые слова: глобальная оптимизация, эволюционные алгоритмы, эмпирическая квантильная функция, докинг.

DOI: https://doi.org/10.14529/cmse190204

Полный текст: PDF файл (1091 kB)
Список литературы: PDF файл   HTML файл

Реферативные базы данных:

Тип публикации: Статья
УДК: 519.6
Поступила в редакцию: 03.11.2018

Образец цитирования: С. В. Полуян, Н. М. Ершов, “Применение многомерной квантильной функции в задаче пептид-белок докинга”, Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ., 8:2 (2019), 63–75

Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{PolErs19}
\by С.~В.~Полуян, Н.~М.~Ершов
\paper Применение многомерной квантильной функции в задаче пептид-белок докинга
\jour Вестн. ЮУрГУ. Сер. Выч. матем. информ.
\yr 2019
\vol 8
\issue 2
\pages 63--75
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vyurv212}
\crossref{https://doi.org/10.14529/cmse190204}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=38073494}


Образцы ссылок на эту страницу:
  • http://mi.mathnet.ru/vyurv212
  • http://mi.mathnet.ru/rus/vyurv/v8/i2/p63

    ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru


    Citing articles on Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles on Google Scholar: Russian articles, English articles
  • Вестник Южно-Уральского государственного университета. Серия «Вычислительная математика и информатика»
    Просмотров:
    Эта страница:91
    Полный текст:24
    Литература:3
     
    Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2022