RUS  ENG JOURNALS   PEOPLE   ORGANISATIONS   CONFERENCES   SEMINARS   VIDEO LIBRARY   PERSONAL OFFICE
Video Library
Archive
Most viewed videos

Search
RSS
New in collection





You may need the following programs to see the files






New Trends in Mathematical and Theoretical Physics
October 7, 2016 11:00–11:20, Moscow, MIAN, Gubkina, 8
 


Kinetics of CO connection using mioglobin: rigorous analytic results and predictions

Albert Bikulov, A.P. Zubarev

N. N. Semenov Institute of Chemical Physics, Russian Academy of Sciences, Moscow
Video records:
MP4 885.1 Mb
MP4 224.5 Mb

Number of views:
This page:112
Video files:37

Albert Bikulov, A.P. Zubarev
Photo Gallery


Видео не загружается в Ваш браузер:
  1. Установите Adobe Flash Player    

  2. Проверьте с Вашим администратором, что из Вашей сети разрешены исходящие соединения на порт 8080
  3. Сообщите администратору портала о данной ошибке

Abstract: В экспериментах по исследованию динамики и функций белка особое место занимает кинетика связывания $CO$ миоглобином [ABB_et_al,SAB_et_al]. Эти эксперименты были проведены на большой шкале временных масштабах ($10^{-7}-10^{2}$ c) и в широком диапазоне температур ($60-300$ К). В этих экспериментах сразу обращает на себя внимание тот факт, что в высокотемпературной ($200-300$ K) и низкотемпературной ($60-190$ К) областях кинетика связывания существенно различаются. В одном и том же временном окне наблюдения кинетические кривые можно аппроксимировать степенными законами. При этом в высокотемпературной области на степенном участке кривой кинетика связывания описывается аномальной температурной зависимостью. В низкотемпературной области в том же окне наблюдения кинетика описывается также степенной функцией, но с нормальной температурной зависимостью. Другими словами имеет место скачкообразное изменение показателей степенных аппроксимаций в узкой температурной зоне от $180$ до $200$ К, меняющее температурную зависимость скорости реакций на прямо противоположную. Этот факт как иыяснилось вызывает основное затруднение в построении теории, описывающей единым образом кинетику связывания $CO$ миоглобином во всем диапазоне температур. В нашей обзорной статье [ABZ] дан анализ наиболее разумных попыток построения таких теорий. В этой же работе была предложена ультраметрическая модель кинетики связывания $CO$, которая была исследована численно. Как оказалось данная модель правильно воспроизводит температурную зависимость показателя степени кинетических кривых во всем диапазоне температур от $60$ до $300$ К. В данном докладе приводим математически строгое описание модели, предложенной в [ABZ]. Мы аналитически находим зависимость показателей степеней кинетических кривых от температуры как в высокотемпературной, так и в низкотемпературной областях. Мы также обсуждаем важную особенность рассматриваемой модели, которая заключается в том, что при увеличении времени наблюдения на низкотемпературных кинетических кривых появляется второй степенной участок, который имеет аномальную температурную зависимость. Возможно, что этот факт может служить основанием для предсказания будущих экспериментов по кинетики связывания белков с лигандами.

Language: English

References
  1. Ansary A., Berendzen J., Bowne S.F., et al., “Protein states and proteinquakes”, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82 (1985), 5000–5004  crossref
  2. Steinbach P.J., Ansary A., Berendzen J., et al, “Ligand binding to heme proteins: connection between dynamics and function”, Biochemistry, 30 (1991), 3988–4001  crossref  isi
  3. Avetisov V. A., Bikulov A. Kh., Zubarev A. P., “Ultrametric random walk and dynamics of protein molecule”, Tr. Mat. Inst. Steklova, 285 (2014), 9–32  mathnet


SHARE: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru
 
Contact us:
 Terms of Use  Registration  Logotypes © Steklov Mathematical Institute RAS, 2018