RUS  ENG ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ЛИЧНЫЙ КАБИНЕТ
Ближайшие семинары
Календарь семинаров
Список семинаров
Архив по годам
Регистрация семинара

Поиск
RSS
Ближайшие семинары





Для просмотра файлов Вам могут потребоваться








Дифференциальная геометрия и приложения
24 ноября 2014 г. 16:45, г. Москва, ГЗ МГУ, ауд. 16-10
 


Геометрический анализ данных интернет-базы Protein Data Bank, описывающих пространственную структуру белков

Е. А. Вилкул, А. А. Тужилин

Количество просмотров:
Эта страница:51

Аннотация: В докладе будет рассказано о проведенном авторами, совместно с А.С.Мищенко и А.О.Ивановым, статистико-геометрическом анализе данных интернет-базы Protein Data Bank, описывающих пространственную структуру белков. Напомним, что каждая молекула белка представляет собой цепочку из 20 типов аминокислот (слово в 20-буквенном алфавите). Одним из наиболее важных свойств белков является их способность ускорять или замедлять химические реакции. Это свойство реализуется обычно не всем белком, а лишь некоторой его частью, составленной из близлежащих атомов, которые, вообще говоря, могут находиться в аминокислотах, расположенных далеко друг от друга, если расстояние считать вдоль цепочки. Тем самым, свойства белка существенно зависят от того, как располагаются в пространстве составляющие его аминокислоты. Это расположение называется в биологии конформацией. Сбои в процессе производства белка могут приводить к изменению конформации, разрушающему те или иные свойства этого белка, что иногда вызывает серьезные заболевания. Тем самым, задача изучения конформации белков имеет большую практическую значимость. В идеале хотелось бы научиться определять возможные конформации белка по последовательности составляющих его аминокислот. Биохимические эксперименты в этом направлении как правило достаточно долгие и дорогие. “Прямое” математическое моделирование также еще очень далеко от идеала.
Одним из возможных подходов является статистическое изучение имеющегося экспериментального материала с целью обнаружения и дальнейшего обоснования различных ограничений на возможные конформации. Сейчас в мире центральным хранилищем полученных экспериментально пространственных структур белков является интернет-база Protein Data Bank. Для начала, мы решили изучить самые тривиальные закономерности. К нашему удивлению, оказалось, что даже отклонения от средних расстояний между ковалентно связанными атомами в некоторых аминокислотах могут превышать все разумные предположения (ковалентная связь может отличаться от среднего в 7 раз). Кроме того, мы обнаружили, что некоторые биохимические законы, которые описаны в стандартных учебниках (скажем, тот факт, что пептидная группа является плоской), также не всегда имеют место. В докладе мы наглядно продемонстрируем обнаруженные нами различные “патологии”, а также обсудим причины их возникновения.

ОТПРАВИТЬ: VKontakte.ru FaceBook Twitter Mail.ru Livejournal Memori.ru
 
Обратная связь:
 Пользовательское соглашение  Регистрация  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2018