Раздел "Журналы" — ключевой компонент портала — связывает российские периодические издания в области математических наук в единую информационную систему.

Наряду с информацией о самих журналах, здесь представлены их электронные архивы. Доступ к собранной в архивах информации свободный. Доступ к полным текстам статей дифференцированный, в следующей таблице приведены уровни доступа к каждому изданию, представленному на портале.

Разработанное в рамках проекта Math-Net.Ru программное обеспечение позволяет редакциям журналов, участвующим в проекте, наладить электронный документооборот, связанный с работой по подготовке статей к печати в соответствующем издании, и тем самым практически полностью компьютеризировать процесс прохождения поступивших статей через все стадии (регистрация, переписка представителей редакции с автором, рецензентом, переводчиком и т.п.).