|
Computing methodologies and applications
Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах
А. Н. Гайнуллина, А. А. Шалыто, А. А. Сергушичев Университет ИТМО, Кронверкский пр. 49, г. Санкт-Петербург, 197101 Россия
Аннотация:
Алгоритмы на графах часто используются для анализа и интерпретации биологических данных. Одним из широко используемых подходов является решение задачи поиска активного модуля, в которой в графе биологических взаимодействий выделяется связный подграф, лучше всего отражающий разницу между двумя рассматриваемыми биологическими состояниями. В настоящей работе этот подход расширяется на случай большего числа биологических состояний и формулируется задача совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространстве.
Для решения этой задачи предлагается итеративный метод, принимающий на вход граф $G$ и матрицу $X$, в которой строки соответствуют вершинам графа. На выходе алгоритм выдает набор подграфов графа $G$ так, что каждый подграф является связным и строки, соответствующие его вершинам, обладают высокой попарной корреляцией. Эффективность метода подтверждается экспериментальным исследованием на смоделированных данных.
Ключевые слова:
активный модуль, кластеризация, экспрессия генов, биологические графы.
Поступила в редакцию: 08.06.2020 Исправленный вариант: 17.06.2020 Принята в печать: 17.06.2020
Образец цитирования:
А. Н. Гайнуллина, А. А. Шалыто, А. А. Сергушичев, “Метод совместной кластеризации в графовом и корреляционном пространствах”, Модел. и анализ информ. систем, 27:2 (2020), 180–193
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mais712 https://www.mathnet.ru/rus/mais/v27/i2/p180
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 92 | PDF полного текста: | 34 | Список литературы: | 19 |
|