|
Математическая биология и биоинформатика, 2007, том 2, выпуск 1, страницы 20–35
(Mi mbb14)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 6 научных статьях (всего в 6 статьях)
Материалы Международной конференции «Математическая биология и биоинформатика»
Совместное использование различных критериев проверки однородности для выявления скрытой
периодичности в биологических последовательностях
М. Б. Чалейa, Н. Н. Назиповаa, В. А. Кутыркинb a Институт математических проблем биологии РАН
b Московский государственный технический университет им. Н. Э. Баумана
Аннотация:
В настоящей работе для выявления скрытой периодичности в биологических последовательностях используется модель дополнительных статистических экспериментов. Эта модель, включающая понятие нечетких тандемных повторов (Fuzzy Tandem Repeats), позволила предложить оригинальные статистические методы для оценки паттерна периодичности в размытых тандемных повторах (Approximate Tandem Repeats). В ряде случаев, при существенном проценте вставок и делеций в последовательности размытого тандемного повтора, выравнивание на основе полученной оценки размера паттерна периодичности оказывается более оптимальным по сравнению с выравниванием на основе известного метода Tandem Repeats Finder (TRF). Предложенные оригинальные статистические методы обладают значительно большей мощностью по сравнению с существующими аналогами. Основное достоинство этих методов состоит в возможности их применения в практических условиях нерепрезентативных выборок.
Ключевые слова:
скрытая периодичность, тест-период, профильная матрица, спектр относительных $\chi^2$-амплитуд.
Материал поступил в редакцию 30.03.2007, опубликован 22.04.2007
Образец цитирования:
М. Б. Чалей, Н. Н. Назипова, В. А. Кутыркин, “Совместное использование различных критериев проверки однородности для выявления скрытой
периодичности в биологических последовательностях”, Матем. биология и биоинформ., 2:1 (2007), 20–35
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb14 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v2/i1/p20
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 360 | PDF полного текста: | 121 | Список литературы: | 71 | Первая страница: | 1 |
|