Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2018, том 13, выпуск Suppl., страницы t162–t267
DOI: https://doi.org/10.17537/2018.13.t162
(Mi mbb368)
 

Эта публикация цитируется в 7 научных статьях (всего в 7 статьях)

Переводы опубликованных статей

Theoretical and experimental investigations of DNA open states
[Теоретические и экспериментальные исследования открытых состояний ДНК]

A. S. Shigaev, O. A. Ponomarev, V. D. Lakhno

Institute of Mathematical Problems of Biology RAS – the Branch of Keldysh Institute of Applied Mathematics, Russian Academy of Sciences, Pushchino, Russia
Список литературы:
Аннотация: Работа посвящена обзору и анализу литературных данных, касающихся свойств открытых состояний ДНК. Данные состояния возникают вследствие крупных флуктуаций дуплекса и оказывают большое влияние на целый ряд биохимических процессов, в том числе на перенос электрического заряда в ДНК. Проведён сравнительный анализ экспериментальных данных по кинетике и термодинамике открытых состояний ДНК в широком интервале температур. Объяснены противоречия между результатами разных экспериментов. На основе различия термодинамических свойств и других характеристик выделено три типа открытых состояний ДНК, а также дано современное определение термина «открытое состояние». Представлен краткий обзор простых математических моделей ДНК, в большинстве которых состояние каждой пары оснований описывается одной-двумя переменными. Рассмотрены основные проблемы исследования гетерогенной ДНК в рамках подходов данного уровня. Обсуждается роль каждой из групп моделей в интерпретации экспериментальных данных. Особое внимание уделено изучению процессов переноса и локализации энергии колебаний нуклеотидных пар в дуплексе при помощи механических моделей. Показано, что данные процессы играют ключевую роль в динамике гетерогенного дуплекса, а их теоретическое исследование крайне важно для развития современной молекулярной биологии и биофизики. Рассмотрены основные особенности теоретических подходов, благодаря которым удалось описать различные экспериментальные данные. Описаны перспективы развития моделей, предложены конкретные детали оптимизации, а также возможные способы модернизации некоторых экспериментальных методик.
Ключевые слова: модели ДНК, динамика ДНК, перенос энергии, локализация энергии, открытое состояние ДНК, пузырёк денатурации, открывание одиночной пары оснований.
Финансовая поддержка Номер гранта
Российский фонд фундаментальных исследований 13-07-00331_а
13-07-00256_а
12-07-00279_а
12-07-33006_мол_а_вед
The authors are thankful to the Russian Foundation for Basic Research for support of this work (projects №13-07-00331, №13-07-00256, №12-07- 00279, №12-07-33006).
Материал поступил в редакцию 03.10.2018, опубликован 24.12.2018
Тип публикации: Статья
УДК: 538.9: 577.31
Язык публикации: английский
Образец цитирования: A. S. Shigaev, O. A. Ponomarev, V. D. Lakhno, “Theoretical and experimental investigations of DNA open states”, Матем. биология и биоинформ., 13, Suppl. (2018), t162–t267
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{ShiPonLak18}
\by A.~S.~Shigaev, O.~A.~Ponomarev, V.~D.~Lakhno
\paper Theoretical and experimental investigations of DNA open states
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2018
\vol 13
\pages t162--t267
\issueinfo Suppl.
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb368}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2018.13.t162}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb368
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v13/i3/p162
    Перевод статьи
    Эта публикация цитируется в следующих 7 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:262
    PDF полного текста:139
    Список литературы:37
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024