|
Математическая биология и биоинформатика, 2009, том 4, выпуск 2, страницы 66–80
(Mi mbb47)
|
|
|
|
Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)
Биоинформатика
Сдвиг фазы триплетной периодичности в нуклеотидных последовательностях генов
Е. В. Коротков, В. М. Руденко Центр «Биоинженерия» РАН, г. Москва
Аннотация:
Триплетная периодичность является общеизвестным свойством кодирующих последовательностей оснований ДНК. Однако недавно проведенные исследования показали, что около 20% (122829) последовательностей генов из банка данных KEGG (версии 29) не имеют триплетной периодичности без делеций/вставок на статистически значимом уровне. В данной работе ставилась задача показать, что отсутствие триплетной периодичности в некоторых последовательностях может быть обусловлено сдвигами открытой рамки считывания. Для выявления сдвигов рамки считывания предложен новый математический метод, основанный на вычислении меры сходства между типами триплетной периодичности фрагментов последовательности до и после позиции предполагаемого сдвига рамки считывания. С помощью разработанного подхода было найдено 4724 последовательности, имеющие сдвиг рамки считывания. Мы предположили, что в этих случаях мутации типа вставок или делеций привели к образованию новой рамки считывания и нарушению триплетной периодичности последовательности. Выявленные последовательности были перекодированы в аминокислотные последовательности по существующей рамке считывания и древней рамке считывания с учетом сдвига. Оказалось, что 243 последовательности, построенные по древней рамке, имеют подобие к аминокислотным последовательностям банка данных Swiss-Prot, что подтверждает наше предположение о возможности эволюции генов посредством сдвигов рамки считывания.
Ключевые слова:
последовательность ДНК, триплетная периодичность, открытая рамка считывания, сдвиг открытой рамки считывания.
Материал поступил в редакцию 04.08.2009, опубликован 07.09.2009
Образец цитирования:
Е. В. Коротков, В. М. Руденко, “Сдвиг фазы триплетной периодичности в нуклеотидных последовательностях генов”, Матем. биология и биоинформ., 4:2 (2009), 66–80
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb47 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v4/i2/p66
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 408 | PDF полного текста: | 382 | Список литературы: | 54 | Первая страница: | 1 |
|