Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2009, том 4, выпуск 2, страницы 66–80 (Mi mbb47)  

Эта публикация цитируется в 1 научной статье (всего в 1 статье)

Биоинформатика

Сдвиг фазы триплетной периодичности в нуклеотидных последовательностях генов

Е. В. Коротков, В. М. Руденко

Центр «Биоинженерия» РАН, г. Москва
Список литературы:
Аннотация: Триплетная периодичность является общеизвестным свойством кодирующих последовательностей оснований ДНК. Однако недавно проведенные исследования показали, что около 20% (122829) последовательностей генов из банка данных KEGG (версии 29) не имеют триплетной периодичности без делеций/вставок на статистически значимом уровне. В данной работе ставилась задача показать, что отсутствие триплетной периодичности в некоторых последовательностях может быть обусловлено сдвигами открытой рамки считывания. Для выявления сдвигов рамки считывания предложен новый математический метод, основанный на вычислении меры сходства между типами триплетной периодичности фрагментов последовательности до и после позиции предполагаемого сдвига рамки считывания. С помощью разработанного подхода было найдено 4724 последовательности, имеющие сдвиг рамки считывания. Мы предположили, что в этих случаях мутации типа вставок или делеций привели к образованию новой рамки считывания и нарушению триплетной периодичности последовательности. Выявленные последовательности были перекодированы в аминокислотные последовательности по существующей рамке считывания и древней рамке считывания с учетом сдвига. Оказалось, что 243 последовательности, построенные по древней рамке, имеют подобие к аминокислотным последовательностям банка данных Swiss-Prot, что подтверждает наше предположение о возможности эволюции генов посредством сдвигов рамки считывания.
Ключевые слова: последовательность ДНК, триплетная периодичность, открытая рамка считывания, сдвиг открытой рамки считывания.
Материал поступил в редакцию 04.08.2009, опубликован 07.09.2009
Тип публикации: Статья
УДК: 577.212.2+577.214
Образец цитирования: Е. В. Коротков, В. М. Руденко, “Сдвиг фазы триплетной периодичности в нуклеотидных последовательностях генов”, Матем. биология и биоинформ., 4:2 (2009), 66–80
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{KorRud09}
\by Е.~В.~Коротков, В.~М.~Руденко
\paper Сдвиг фазы триплетной периодичности в~нуклеотидных последовательностях генов
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2009
\vol 4
\issue 2
\pages 66--80
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb47}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb47
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v4/i2/p66
  • Эта публикация цитируется в следующих 1 статьяx:
    Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:408
    PDF полного текста:382
    Список литературы:54
    Первая страница:1
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2024