|
Математическая биология и биоинформатика, 2011, том 6, выпуск 1, страницы 79–91
(Mi mbb68)
|
|
|
|
Биоинформатика
Применение метода Монте-Карло для поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах
В. М. Руденкоab, Е. В. Коротковba a Центр «Биоинженерия», Российская академия наук, Москва, Россия
b НИЯУ МИФИ, Москва, Россия
Аннотация:
В статье предложен метод поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах, основанный на обнаружении точек разладки в распределении частот триплетов. Оценка статистической значимости разладки проводилась с помощью метода Монте-Карло. Корректность разработанного метода была продемонстрирована на последовательностях ДНК, содержащих искусственно внесенные в последовательность вставки. На предмет присутствия точек разладки были проанализированы последовательности банка данных KEGG GENES. На уровне значимости 6 % было обнаружено, что более 140 тыс. последовательностей содержат точки разладки. Была проведена классификация последовательностей, имеющих точки разладки, по полю description в банке данных KEGG GENES. Оказалось, что большое число этих последовательностей являются псевдогенами, а во многих из них ранее были выявлены сдвиги рамки считывания. Наряду с этими последовательностями точки разладки были идентифицированы в генах, кодирующих PE-PGRS, cation channel family protein, PPE family protein и многие другие белки. Обсуждается связь между наличием в последовательности ДНК точки разладки и сдвигом рамки считывания.
Ключевые слова:
последовательность ДНК, рамка считывания, сдвиг рамки считывания, точка разладки, метод Монте-Карло.
Материал поступил в редакцию 29.03.2011, опубликован 16.05.2011
Образец цитирования:
В. М. Руденко, Е. В. Коротков, “Применение метода Монте-Карло для поиска потенциальных сдвигов рамки считывания в генах”, Матем. биология и биоинформ., 6:1 (2011), 79–91
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb68 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v6/i1/p79
|
Статистика просмотров: |
Страница аннотации: | 501 | PDF полного текста: | 130 | Список литературы: | 44 | Первая страница: | 1 |
|