Вычислительные методы и программирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Вычислительные методы и программирование, 2013, том 14, выпуск 4, страницы 483–495 (Mi vmp138)  
Вычислительные методы и приложения

Ускорение молекулярно-динамических расчетов с помощью быстрого метода мультиполей и графических процессоров

Д. Ф. Марьинa, В. Л. Малышевa, Е. Ф. Моисееваa, Н. А. Гумеров, И. Ш. Ахатов, К. И. Михайленкоa

a Башкирский государственный университет, Центр микро- и наномасштабной динамики дисперсных систем (ЦМНДДС, БашГУ)
PDF полного текста (616 kB)
Аннотация: Работа посвящена ускорению моделирования методами молекулярной динамики электростатических потенциалов на примере молекул воды. Высокопроизводительные вычисления достигаются путем комбинированного подхода с применением быстрого метода мультиполей (FMM) для вычисления сил и применением гетерогенных архитектур, состоящих из центральных и графических процессорных устройств (CPU и GPU соответственно). Метод FMM позволяет ускорить вычисления дальнодействующих взаимодействий за счет уменьшения вычислительной сложности до линейной. Использование GPU позволяет достичь значительных ускорений в вычислениях. Реализация метода FMM на GPU предоставляет возможность проводить численные эксперименты над большими системами. Показано, что предложенная методика имеет хорошую масштабируемость и может быть использована для моделирования динамики воды в области с размерами 60 нм или числом молекул воды порядка 10 миллионов на персональных рабочих станциях, оборудованных одним GPU.
Ключевые слова: молекулярная динамика; электростатическое взаимодействие; быстрый метод мультиполей; FMM; гетерогенные вычисления; GPU.
Поступила в редакцию: 31.07.2013
Тип публикации: Статья
УДК: 004.021+519.683+519.684
Образец цитирования: Д. Ф. Марьин, В. Л. Малышев, Е. Ф. Моисеева, Н. А. Гумеров, И. Ш. Ахатов, К. И. Михайленко, “Ускорение молекулярно-динамических расчетов с помощью быстрого метода мультиполей и графических процессоров”, Выч. мет. программирование, 14:4 (2013), 483–495
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{MarMalMoi13}
\by Д.~Ф.~Марьин, В.~Л.~Малышев, Е.~Ф.~Моисеева, Н.~А.~Гумеров, И.~Ш.~Ахатов, К.~И.~Михайленко
\paper Ускорение молекулярно-динамических расчетов с помощью быстрого метода мультиполей и графических процессоров
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2013
\vol 14
\issue 4
\pages 483--495
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp138}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/vmp138
  • https://www.mathnet.ru/rus/vmp/v14/i4/p483
    • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    		Вычислительные методы и программирование
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:205
    PDF полного текста:109
    Список литературы:2
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2025