Вычислительные методы и программирование
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS


Выч. мет. программирование:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти




Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация

Вычислительные методы и программирование, 2006, том 7, выпуск 4, страницы 128–136 (Mi vmp621)  
Программирование

Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94.

Ф. В. Григорьевa, А. Н. Романовa, О. А. Кондаковаa, С. В. Лущекинаb, В. Б. Сулимовa

a Научно-исследовательский вычислительный центр Московского государственного университета имени М. В. Ломоносова
b Институт биомедицинской химии имени В. Н. Ореховича РАМН
PDF полного текста (202 kB)
Аннотация: Рассмотрен алгоритм FARS (Fire Algorithm for Rings Search) расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94. Алгоритм предназначен для использования при решении задачи виртуального перебора молекул из баз данных с целью отбора тех из них, которые наилучшим образом взаимодействуют с белком-мишенью. Сравниваются результаты расстановки параметров алгоритмом FARS и программным комплексом CHARMM на молекулах из базы данных NCI Diversity. Программа FARS, написанная на основе алгоритма, включена в состав веб-ориентированной платформы Keenbase, предназначенной для решения задач виртуального перебора. Программа FARS успешно использовалась при проведении компьютерного эксперимента по поиску ингибиторов к заданным белкам с применением технологий распределенных вычислений. В ходе эксперимента были задействованы вычислительные мощности НИВЦ МГУ и Южно-Уральского государственного университета.
Ключевые слова: силовое поле; виртуальный перебор; белок-мишень; органические молекулы; расстановка параметров; базы данных.
Тип публикации: Статья
УДК: 519.6; 54:681.3; 54:51
Образец цитирования: Ф. В. Григорьев, А. Н. Романов, О. А. Кондакова, С. В. Лущекина, В. Б. Сулимов, “Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля MMFF94.”, Выч. мет. программирование, 7:4 (2006), 128–136
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{GriRomKon06}
\by Ф.~В.~Григорьев, А.~Н.~Романов, О.~А.~Кондакова, С.~В.~Лущекина, В.~Б.~Сулимов
\paper Алгоритм расстановки силовых параметров на атомах органических молекул и белков в рамках силового поля
MMFF94.
\jour Выч. мет. программирование
\yr 2006
\vol 7
\issue 4
\pages 128--136
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/vmp621}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/vmp621
  • https://www.mathnet.ru/rus/vmp/v7/i4/p128
    • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
    		Вычислительные методы и программирование
    Статистика просмотров:
    Страница аннотации:284
    PDF полного текста:152
    Список литературы:3
     
      Обратная связь:
    		  Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2026