Институт создан Постановлением Президиума РАН N 227 от 13 декабря 1994 г. "О реорганизации Института пищевых веществ РАН и образовании Института биохимической физики РАН" с целью развития фундаментальных исследований физической сущности химических процессов в биологических и молекулярно-организованных химических системах. Ядром Института биохимической физики РАН является, созданный академиком Н. М. Эмануэлем, отдел кинетики химических и биологических процессов Института химической физики им. Н. Н. Семенова РАН. В состав института вошли также: отдел пищевой химии и биотехнологии отдел электроники органических материалов отдел химического материаловедения отдел экологической химии международный центр по исследованию современных материалов.

Институт занимает ведущие позиции в следующих научных направлениях:

1. в изучении новых каталитических систем (в том числе, биомиметических) и создании новых экологически чистых технологий на их основе, в производстве специальных биополимерных материалов из возобновляемого сырья, получении высокоэффективных и экологически чистых антипиренов на основе окисленных полисахаридов и др.;
2. в изучении физико-химических основ фотобиологических процессов и создании нового поколения лечебных средств для офтальмологии, в том числе известных в мире фотопротекторных искусственных хрусталиков с естественной спектральной характеристикой;
в комплексном изучении биоантиоксидантов и создании на их основе новых лекарственных препаратов, методов диагностики и новых принципов лечения различных заболеваний; в изучении механизмов и эффектов действия низкоинтенсивных физических и химических факторов в сверхмалых дозах на живые организмы и окружающую среду (ионизирующая радиация, биологически активные вещества, экотоксиканты и  др.);
3. в фундаментальных и прикладных исследованиях структуры, свойств и функционирования биомакромолекул;
4. в создании новых экологически чистых биодеградируемых полимеров и полимерных материалов медицинского назначения;
5. в исследовании некоторых электронных свойств органических и металлоорганических веществ и создании новых композиционных материалов (в том числе, нанокомпозитов) для решения медицинских и экологических задач с целью защиты человека и окружающей среды от электромагнитного излучения.