Шишкин В.И., Янченкова Е.Н., “Математическая модель иммунной сети с учетом деления Т-клеток на субпопуляции”, Модели механики сплошной среды, Под ред. проф. Филиппова Б.В., Изд-во СПбГУ, СПб., 1998, 174–179
Кузнецов С.Р., Шишкин В.И., “Математическое моделирование как инструмент теоретических исследований в иммунологии — достижения и перспективы”, Цитокины и воспаление, 11:2 (2012), 5–13
Кузнецов С.Р., Шишкин В.И., “Обобщенное представление процессов пролиферации и дифференцировки CD4+ Т-лимфоцитов: математическая модель”, Российский иммунологический журнал, 7(16):2-3 (2013), 176–177
Кузнецов С.Р., Шишкин В.И., Кудрявцева Г.В., “Динамика формирования и элиминации иммунных комплексов при системной красной волчанке: опыт вычислительного эксперимента”, Цитокины и воспаление, 13:1 (2014), 23–27
Кузнецов С.Р., Шишкин В.И., Лыкосов В.М., “Влияние Th17 типа иммунного ответа на динамику формирования антител при системной красной волчанке (СКВ): опыт вычислительного эксперимента”, Математическая биология и биоинформатика, V Международная конф., Под ред. В.Д. Лахно (г. Пущино, 19–24 октября 2014 г.), МАКС Пресс, М., 2014, 154–155
А. В. Орехов, В. И. Шишкин, Г. В. Кудрявцева, Г. В. Павилайнен, В. В. Шишкин, Н. С. Людкевич, “Автоматическое получение «упрощенной лейкоцитарной формулы» методами проточной цитофлуориметрии и кластерного анализа”, Вестн. С.-Петербург. ун-та. Сер. 10. Прикл. матем. Информ. Проц. упр., 19:4 (2023), 469–483
