|
Эта публикация цитируется в 4 научных статьях (всего в 4 статьях)
АНАЛИЗ И МОДЕЛИРОВАНИЕ СЛОЖНЫХ ЖИВЫХ СИСТЕМ
Смешанный алгоритм расчета динамики переноса заряда в ДНК на больших временных интервалах
Н. С. Фиалко Учреждение Российской академии наук Институт математических проблем биологии РАН, 142290, Московская обл., Пущино, ул. Институтская 4
Аннотация:
Перенос заряда в ДНК моделируется с помощью дискретной модели Холстейна «квантовая частица + классическая цепочка сайтов + взаимодействие». Влияние температуры термостата учитывается с помощью случайной силы, действующей на классические сайты (уравнение Ланжевена). Таким образом, динамика распространения заряда вдоль цепочки описывается системой ОДУ со случайной правой частью. Для интегрирования таких систем обычно применяют алгоритмы 1 или 2 порядка. Мы разработали смешанный алгоритм, имеющий 4 порядок точности по быстрым «квантовым» переменным (заметим, что в «квантовой» подсистеме должно соблюдаться условие: «сумма вероятностей нахождения заряда на сайте постоянна по времени») и 2 порядок по медленным «классическим» переменным, на которые действует случайная сила. Алгоритм позволяет считать на бóльших временах, чем стандартные. В качестве примера приведен модельный расчет развала полярона в однородной цепочке под действием температурных флуктуаций.
Ключевые слова:
ДНК, модель Холстейна, уравнение Ланжевена, алгоритм интегрирования ОДУ со случайной правой частью.
Поступила в редакцию: 15.03.2010
Образец цитирования:
Н. С. Фиалко, “Смешанный алгоритм расчета динамики переноса заряда в ДНК на больших временных интервалах”, Компьютерные исследования и моделирование, 2:1 (2010), 63–72
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/crm580 https://www.mathnet.ru/rus/crm/v2/i1/p63
|
|