|
Математическое моделирование
Исследование эффектов полиглутамилирования С-концевых участков $\alpha$-тубулина методом полноатомной молекулярной динамики
Е. Г. Холина, Н. Б. Гудимчук Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова, Москва, Россия
Аннотация:
Тубулиновый цитоскелет, состоящий из сети микротрубочек, является ключевой внутриклеточной системой, обеспечивающей выполнение множества жизненно важных функций в клетке. Его работа регулируется посттрансляционными модификациями, которые записываются и редактируются ферментами, распознаются регуляторными белками или напрямую влияют на свойства тубулинов. Одной из таких модификаций является полиглутамилирование C-концевых участков тубулина. В данной работе мы изучили влияние добавления дополнительных остатков глутамата на динамику C-концевых участков $\alpha$-тубулина и их взаимодействия с глобулярными доменами тубулина методом полноатомного молекулярно-динамического моделирования. Анализ совокупности расчётов общей продолжительностью более трёх микросекунд для модифицированного и немодифицированного тубулина показал, что полиглутамилирование уменьшает среднее расстояние между основанием и концом неструктурированного C-концевого участка, увеличивая вероятность его контакта с глобулярной частью белка, включая полимеризационный интерфейс. Полученные результаты позволяют предположить, что полиглутамилирование C-концевых участков $\alpha$-тубулина может быть фактором, влияющим на кинетику сборки микротрубочек.
Ключевые слова:
тубулин, посттрансляционные модификации, полиглутамилирование, молекулярная динамика, компьютерное моделирование.
Материал поступил в редакцию 25.09.2024, 27.11.2024, опубликован 04.12.2024
Образец цитирования:
Е. Г. Холина, Н. Б. Гудимчук, “Исследование эффектов полиглутамилирования С-концевых участков $\alpha$-тубулина методом полноатомной молекулярной динамики”, Матем. биология и биоинформ., 19:2 (2024), 418–426
Образцы ссылок на эту страницу:
https://www.mathnet.ru/rus/mbb568 https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v19/i2/p418
|
| Статистика просмотров: |
| Страница аннотации: | 104 | | PDF полного текста: | 50 | | Список литературы: | 30 |
|