Математическая биология и биоинформатика
RUS  ENG    ЖУРНАЛЫ   ПЕРСОНАЛИИ   ОРГАНИЗАЦИИ   КОНФЕРЕНЦИИ   СЕМИНАРЫ   ВИДЕОТЕКА   ПАКЕТ AMSBIB  
Общая информация
Последний выпуск
Архив
Импакт-фактор

Поиск публикаций
Поиск ссылок

RSS
Последний выпуск
Текущие выпуски
Архивные выпуски
Что такое RSS



Матем. биология и биоинформ.:
Год:
Том:
Выпуск:
Страница:
Найти






Персональный вход:
Логин:
Пароль:
Запомнить пароль
Войти
Забыли пароль?
Регистрация


Математическая биология и биоинформатика, 2025, том 20, выпуск 1, страницы 197–211
DOI: https://doi.org/10.17537/2025.20.197
(Mi mbb593)
 

Математическое моделирование

Diphenylalanine peptide nanotubes as substrates for surface-enhanced Raman spectroscopy and photonic applications
[Пептидные нанотрубки на основе дифенилаланина как подложки для поверхностно-усиленной рамановской спектроскопии и приложений в фотонике]

Vladimir Bystrova, Ekaterina Paramonovaa, Pavel Zelenovskiyb

a Institute of Mathematical Problems of Biology RAS, Keldysh Institute of Applied Mathematics RAS, Pushchino, Russia
b School of Natural Sciences and Mathematics, Ural Federal University, Ekaterinburg, Russia
Аннотация: В работе исследуется применение пептидных нанотрубок на основе дифенилаланина в качестве активного субстрата (подложки) для поверхностно-усиленной рамановской спектроскопии (SERS), которая в русскоязычной литературе называется еще спектроскопией комбинационного рассеяния. Исследование проводилось методами компьютерного моделирования и полуэмпирических квантовых расчетов. Для нанотрубок, взаимодействующих с молекулой аналита, в качестве которого использовались метиленовый синий (метилтиониния хлорид) и азотистое основание тимин, выявились существенные изменения полной энергии системы, энергий электронных уровней $E_{\mathrm{HOMO}}$ и $E_{\mathrm{LUMO}}$ и ширины запрещенной зоны. Установлено, что на больших расстояниях (более 30 $\mathring{\mathrm{A}}$) между молекулярными структурами, уровень $E_{\mathrm{HOMO}}$ всей системы локализуется на молекулярной структуре дифенилаланиновых трубок, тогда как на более близких расстояниях он перемещается на молекулу метилтиониния хлорида. Характерное изменение интенсивности сигнала SERS и колебательных мод молекулы метиленового синего указывает на возможность усиления сигнала SERS на структуре нанотрубки. С другой стороны, ширина запрещенной зоны, установленная для дифенилаланиновых трубок, имеет значения порядка 4 эВ, и оказывается подходящей для детектирования света в солнечно-слепом ультрафиолетовом диапазоне (SBUV), что делает их пригодными для создания SBUV-сенсоров. Возможности таких датчиков могут быть дополнительно расширены за счет настройки ширины запрещенной зоны путем управления адсорбированной водой в каналах нанотрубки или приложения внешнего электрического поля, создаваемого, например, сегнетоэлектрическим полимером PVDF-TrFE, а также путем выбора хиральности энантиомеров дифенилаланина для селективного обнаружения циркулярно поляризованного света, что крайне важно для современной фотоники.
Ключевые слова: дифенилаланин, пептидные нанотрубки, рамановская спектроскопия, спектроскопия комбинационного рассеяния, сенсорный элемент, запрещенная зона, хиральность, круговая поляризация света, биометрия.
Финансовая поддержка Номер гранта
Министерство науки и высшего образования Российской Федерации FEUZ-2023-0017
FFMN-2025-0024
The work was supported by the Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation (state tasks FEUZ-2023-0017 and FFMN-2025-0024). The equipment of the Ural Center for Shared Use “Modern nanotechnology” Ural Federal University (Reg. No. 2968) was used. To perform the calculations, hybrid supercomputers installed in the Supercomputer Center of Collective Usage of the Keldysh Institute of Applied Mathematics of the Russian Academy of Sciences and a computer cluster of the IMPB RAS – branch of the KIAM RAS were partially used.
Материал поступил в редакцию 15.04.2025, 11.06.2025, опубликован 09.07.2025
Реферативные базы данных:
Тип публикации: Статья
Язык публикации: английский
Образец цитирования: Vladimir Bystrov, Ekaterina Paramonova, Pavel Zelenovskiy, “Diphenylalanine peptide nanotubes as substrates for surface-enhanced Raman spectroscopy and photonic applications”, Матем. биология и биоинформ., 20:1 (2025), 197–211
Цитирование в формате AMSBIB
\RBibitem{BysParZel25}
\by Vladimir~Bystrov, Ekaterina~Paramonova, Pavel~Zelenovskiy
\paper Diphenylalanine peptide nanotubes as substrates for surface-enhanced Raman spectroscopy and photonic applications
\jour Матем. биология и биоинформ.
\yr 2025
\vol 20
\issue 1
\pages 197--211
\mathnet{http://mi.mathnet.ru/mbb593}
\crossref{https://doi.org/10.17537/2025.20.197}
\elib{https://elibrary.ru/item.asp?id=82649575}
Образцы ссылок на эту страницу:
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb593
  • https://www.mathnet.ru/rus/mbb/v20/i1/p197
  • Citing articles in Google Scholar: Russian citations, English citations
    Related articles in Google Scholar: Russian articles, English articles
     
      Обратная связь:
     Пользовательское соглашение  Регистрация посетителей портала  Логотипы © Математический институт им. В. А. Стеклова РАН, 2025