Применение параллельных вычислений при реализации метода выборки переходных поверхностей

Численная оценка константы скорости реакции является важной задачей в области биоинформатики, поскольку константа предоставляет информацию о кинетике связывания компонентов белкового комплекса. Один из подходов к выполнению данной оценки заключается в применении метода выборки переходных поверхностей, в основе которого лежит симуляция переходов между различными состояниями моделируемой системы по нескольким траекториям. Каждое состояние и переход характеризуются оценками энергии взаимодействия между компонентами белкового комплекса. В настоящей работе описаны схемы применения параллельных вычислений при построении множества траекторий. Приводятся принципы применения технологии MPI и библиотеки Intel oneTBB, а также демонстрируются результаты различных экспериментов. Целью исследования является определение наиболее эффективного инструмента параллельного программирования при построении множества траекторий в методе выборки переходных поверхностей в используемых вычислительных системах.